所谓“部省双重领导、以省为主”的管理体制，是指对垦区的管理由垦区所在省负第一责任，国家有关部门负责加大政策支持、加强服务力度的制度安排。
垦区所在省主要有以下职责：全面负责组织推进垦区改革方案的制定和实施；将垦区经济社会发展和建设规划纳入全省规划统一实施，全面加强垦区基础设施和社会公共事业建设；加强垦区国有土地资源保护和利用的管理；将农垦职工和垦区居民依法纳入所在省社会保险、社会救助等社会保障体系，采取有效措施确保基本养老金按时足额发放；对垦区重大投资、财政资金、国有资产、建设项目等，依法进行日常管理、审计和监督；垦区领导干部的选拔任用、日常管理和监督，遵循党管干部、以省为主原则，坚持省委依规依纪管理。
《办法》还规定，部省要建立工作会商机制，每年至少举行一次会商会议，就垦区改革发展重大问题进行协调会商。