大豆含有较多的植酸，它妨碍矿物质的吸收，经过发酵后，植酸被分解失去活性，从而使钙、镁、铁等的生物利用率上升。大豆中的大豆异黄酮具有防癌、预防心脑血管疾病等作用，但是大豆异黄酮与糖结合呈现糖苷的形式，生物利用率相对较低，经过发酵之后变成游离形式，更利于在人体中发挥作用。而且，发酵会产生较多的B族维生素，弥补了豆腐B族维生素含量低的缺点。另外，新近研究还发现，大豆中的氨基酸经过发酵后，可产生活性肽类物质，这类物质可以抑制血管紧张素转换酶的活性，从而起到降低血压的作用。
虽然豆腐乳营养价值高，但需注意其含盐量高的问题。一块红腐乳含盐约4克，因此吃腐乳每天不宜超过半块。如果吃了腐乳，则应减少其他含盐食物的摄入。比如，早餐时吃腐乳，不妨搭配白粥、煮鸡蛋和水果等不含盐的食物，以减少盐的摄入量。