新中国成立后,贺敏学从华东防空军司令员的职位上脱下军装,转入地方建设。
1954年6月,担任华东工程管理总局局长的贺敏学,赴京参加中央建工部召开的全国建筑工程局长会议。星期天,外甥女娇娇(李敏)到饭店看望贺敏学,贺敏学利用会议空当陪她玩了半天,还在莫斯科餐厅请她吃了西餐。当毛泽东从女儿那里得知贺敏学来北京了,很高兴,让女儿转告贺敏学,请他于翌日晚上来做客。这是贺敏学和毛泽东自中央苏区分别相隔20余年后的第一次会面。
自贺子珍在上海生病后,毛泽东内心十分牵挂。谈话中,毛泽东特地叮嘱贺敏学和其妻子李立英,要多照顾贺子珍。
1955年,贺敏学离开繁华的大上海,受命率建筑工程部队支援大西北建设。他不负众望,带出一支10万人的建筑大军,为国家“一五”计划建设立下殊勋。
1958年,原拟担任中央建工部第一副部长的贺敏学在进京报到时,忽被告知南下福建,就任福建省副省长。
贺敏学调福建后不久,贺子珍也离开了上海,迁居南昌。一是因为陈毅已从上海调往北京任国务院副总理兼外交部长,上海市的新领导对她显得较为漠然;二是由于朱旦华(原毛泽民之妻)的丈夫方志纯(方志敏之弟)在江西任副省长,他们和江西方面都能提供照料。贺子珍到江西南昌初期,情绪不错。孰料,1959年在庐山和毛泽东时隔12年后的见面,造成她的大喜大悲,情绪大起大落,并因此重病一场。贺敏学得悉,心急如焚,却因工作无法脱身,只有委托妻子李立英从上海赶去南昌看望。
在江西南昌,贺子珍的精神分裂症时好时发,而且复发的频率越来越高,症状越来越严重。贺敏学对妹妹的病情心痛不已,提出要把妹妹接到福州来调养,这还真解了江西省委的难题。
得知贺子珍到福州和兄嫂同住,毛泽东十分欣慰,派女儿李敏常去看望。毛泽东还托人送去好烟,有时不明说送贺子珍,是送贺敏学抽,但大家心照不宣。而贺子珍与兄嫂住在一起,因为有了倾诉的对象,病情渐趋好转。
“文革”伊始,江青大说贺家坏话,远在福建的贺敏学也难逃厄运被关了起来。李立英见贺敏学被关了2个多月后还没出来,不得不向在北京的外甥女李敏求援。李敏得知此情,急忙去找父亲。毛泽东知道后吃了一惊,他沉吟许久,缓缓道:“你舅舅是个好人,当年富田事变时,他为我坐过一次牢,还叫人给我送条子。”但毛泽东这次没有出面去保贺敏学。可能由于政治斗争的复杂,他觉得自己不便多说话,但一句“你舅舅是个好人”,说明他对贺敏学的认识是一贯的。
李立英见李敏那头一时没有回音,便拿着毛泽东写给贺子珍和他们夫妇的信,直接找到军队某领导。对方一看竟是毛泽东的书信,大吃一惊,读后深感毛贺关系非同一般,“唉呀”一声后,道:“老首长有这层关系,为什么不早讲呢?”
事情报到省革委会主任那里,他权衡再三,决定在五一节前放贺敏学回家。贺敏学获救,除了毛泽东的这封写于几年前的信起了效果,也不排除周恩来过问所起的作用。
晚年贺敏学退居二线后,当选为全国政协常委。让他最感慨最高兴的事,是妹妹贺子珍在“冷冻”数十年后,重见天日,当选为全国政协委员,有机会到毛主席纪念堂瞻仰遗容并敬献花圈。
1988年4月,贺敏学病逝于福州。