南极区的海水从上至下大体可以分为南极表层水、绕极深层水和南极底层水。
南极表层水的盐度最低,与淡水的收支有直接的关系。南极区由于海面温度低,蒸发较弱,损失的淡水较少。环绕南极大陆,以南纬50度为中心有一个强降水带,为海洋的表层贡献了淡水。虽然南极没有河流注入海洋,但是冰川也是一个重要的淡水来源。南极沿岸的冰墙、冰架以及漂浮在海中的冰山融化后,给海洋表层注入了大量的淡水。
另外,低温也是南极表层水的基本特征,在冬季以及夏季的海冰密集区域,海冰之下表层海水的温度基本保持在冰点,即零下1.8摄氏度左右。但是,南极表层水的季节变化很明显,在没有海冰的区域,夏季的表层水温可以达到0摄氏度以上,在普里兹湾经常可以观测到超过3摄氏度的表层水。夏季,在表层水的下面有一层温度更低的水,被称为南极冬季水,它是秋季结冰时由于冷却和析盐作用形成的低温水体。由于夏季的表面混合层较浅,这层冷水仍被保留了下来。南极表层水在南极辐合带下沉并向北输运,形成低温低盐的南极中层水。
南极的深层水随着南极绕极流而环绕南极流动,常被称为绕极深层水,它是南大洋体积最大的水团。在南极近岸区域,除了夏季表层水之外,绕极深层水的温度最高,核心温度在1.5~3摄氏度之间。深层水的盐度也很高,核心盐度在34.7~34.9之间。高盐度使得水体的密度较大,才能让水体维持在深层。它的高温高盐性质来自于它的源地——北大西洋。在北大西洋生成的深层水向南穿过整个大西洋,一直输送到南极绕极流区域,在南极底层水之上形成绕极深层水。由于离开海面的时间很长,深层水的溶解氧含量比较低,这也是它的一个显著特征。深层水进入亚南极区时,位于南极中层水和南极底层水之间,约在2000~4000米的深度上。在某些海域,绕极深层水可以继续向南侵入陆架区,与陆架水发生混合。
在南极近岸陆架区,水体的特点是低温、高盐。低温来自于极地寒冷的环境,高盐则与海冰的形成有关,即结冰析盐过程造成的。南极陆架水与上升到陆架上的绕极深层水混合,形成更高密度的水体,沿着陆坡下沉到海底,成为南极底层水。
南极底层水的温度低于0摄氏度,密度很大,只能沉在海底,不能穿过较浅的德雷克海峡,因此它不是绕极循环的。但它可以沿着最深的海盆中向北扩散,进而流入太平洋、大西洋和印度洋的底层。这样,在南极沿海下沉的高密度水成为世界大洋底层水的主要来源。南极的威德尔海、罗斯海是南极底层水最主要的源地。实际上,北极底层水的密度比南极底层水还要大,但由于有格陵兰—冰岛—苏格兰海岭的阻挡,密度大的北极底层水除了有少量通过,基本不能进入北大西洋,更无法进入其他大洋。