“本草”是药物书的专名，这一词汇最早见于《汉书·游侠传》，说楼护“少随父为医长安，出入贵戚家，护诵医经、本草、方术数十万言”。楼护活动在西汉末年，在此之前，《史记·仓公列传》提到汉初公乘阳庆以医学著作传授淳于意，其中有《药论》一书，应该也是本草之类。
可令人费解的是，在《汉书·艺文志》中，被视为“生生之具”的方伎，下辖有医经、经方、房中、神仙四类，共计三十六家、八六八卷，竟然没有一部与药物学稍微沾边。但“经方类解题”说：“本草石之寒温，量疾病之浅深，假药味之滋，因气感之宜，辩五苦六辛，致水火之齐，以通闭解结，反之于平。”这几句话则切中药物治疗的本质，与《黄帝内经·素问》“治寒以热，治热以寒”的治则一脉相承，直到今天也被中医奉为圭臬。所谓“本草石之寒温”，即利用草木金石药物寒热药性的意思，“本草”一词或许即由此而来。
《神农本草经》只是汉代流传的若干种本草著作之一，因为冠以“神农”，所以前代学者大多相信其为先秦古书。《太平御览》卷七二一引《帝王世纪》云：“炎帝神农氏长于江水，始教天下耕种五谷而食之，以省杀生。尝味草木，宣药疗疾，以救夭伤之命，百姓日用而不知。著本草四卷。”陶弘景编撰《本草经集注》，对此更是深信不疑，他说：“旧说皆称神农本经，余以为信然。”但陶弘景也注意到，《神农本草经》（为行文简便计，此后如非特别原因，皆省称为《本草经》）所记药物产地多为汉代建置，他辩解说：“所出郡县，乃后汉时制，疑仲景、元化等所记。”意思是说，这些郡县地名乃汉末张仲景、华佗添附，并非原有。晚近研究者对陶弘景的意见半信半疑，于是将《本草经》的成书年代径直确定为东汉晚期。
其实，《本草经》中的药名、地名，乃至药物功效之细节，都流露出鲜明的时代特征。
《本草经》中赤箭、徐长卿都有别名“鬼督邮”，独活则别名“护羌使者”。考“督邮”为汉代新设职官，时间约在文帝以后，说见《通典·职官十五》。另据《汉书》，武帝平定西羌以后，始置“护羌校尉”，专司西羌事务。“护羌使者”当即护羌校尉之使者①，如《汉书·赵充国传》云：“初，置金城属国以处降羌，诏举可护羌校尉者。”《水经注》云：“（湟水）东入，径戎峡口，右合羌水。水出西南山下，径护羌城东，故护羌校尉治。”这些地方确实也是植物独活的出产地。
《本草经》有六种芝草，青芝、赤芝、黄芝、白芝、黑芝、紫芝。前五种显然对应五行，所以《本草经》说：“青芝，味酸，补肝气，生太山。赤芝，味苦，益心气，生霍山。黄芝，味甘，益脾气，生嵩山。白芝，味辛，益肺气，生华山。黑芝，味咸，益肾气，生常山。”不难看出，文字涉及的五色、五味、五脏、五岳皆与五行一一对应。不仅如此，经文还说：“青芝，主仁恕；赤芝，增智慧；黄芝，忠信和乐；白芝，主勇悍；黑芝，聪察。”这里竟然还隐含着与五行对应的“仁、智、信、义、礼”，即汉儒常说的“五性”。
更有意思的是，五色芝以外，还有紫芝，因为别出于五行之外，《本草经》记其产地“生高夏山谷”。五色芝对应五行分生五岳，显然出于附会，而紫芝的产地，博雅如陶弘景也觉得费解，他在《本草经集注》中推测说：“按郡县无高夏名，恐是山名尔。”
今考“高夏”既不是郡县名，也不是山名，很可能是《本草经》作者臆造的地名。《淮南子·俶真训》云：“巫山之上，顺风纵火，膏夏、紫芝与萧、艾俱死。”据高诱注：“巫山在南郡。膏夏，大木也，其理密白如膏，故曰膏夏。紫芝，皆喻贤智也。萧、艾，贱草，皆喻不肖。”由此知“膏夏”本为美木之名，与紫芝并喻君子；萧与艾为杂草，比喻小人。膏夏、紫芝与萧、艾同生于“巫山”之上，当大火烧来，君子小人俱死，含有玉石俱焚之意。因为这句话已有地点状语“巫山”，故“膏夏”绝无可能是地名，高诱训作“大木”为正确。由此推测，《本草经》作者按照五行为五色芝“分配”了五岳产地之后，紫芝找不到更合适的产地，乃根据《淮南子》“膏夏紫芝”之说，向壁虚构了一个“高夏山谷”。由此证明，《本草经》应该成于《淮南子》成书之后。
仔细研究《本草经》中涉及的地名①，建置年代最晚者是“木香、犀角、彼子”条提到的“生永昌山谷”。据《后汉书·明帝纪》云：“永平十二年春正月，益州徼外夷哀牢王相率内属，于是置永昌郡，罢益州西部都尉。”其中犀角生永昌山谷，还可以举《后汉书·和帝纪》“永元六年（94）永昌徼外夷遣使献犀牛”为佐证。永平十二年即公元69年，这应该是《本草经》成书时间的上限。再取《本草经》所载药物功效与《武威医简》进行比较，可以看出二者间高度统一。
①在《本草经》中，独活又名羌活，所谓羌活，当是羌地出产的独活之意。有意思的是，《本草经》中，独活别名“护羌使者”，这应该是指汉王朝设置的“护羌校尉”的使者；而《名医别录》记其别名为“胡王使者”，则又站在羌地少数民族的立场了。护羌使者与胡王使者的身份转化，或许还隐含中央控制力的消长。但不论如何，见于《本草经》的“护羌使者”这一名称，确实是汉代边疆文化的缩影。
由此看来，《本草经》与《武威医简》一样，都是东汉早期的作品。
在篇章结构上，《本草经》由两部分组成。一部分为“序例”，类似于现代药学著作之总论，涉及药材学、调剂学、药物治疗学等多个方面，遵用至今的重要药性理论，如四气、五味、毒性及方剂的君臣佐使、七情配伍，皆由《本草经》奠定。另一部分则是药物各论，三百六十五种药物被分为上中下三品。《本草经》说：“上药一百二十种为君，主养命以应天，无毒，多服久服不伤人。欲轻身益气，不老延年者，本上经。中药一百二十种为臣，主养性以应人，无毒有毒，斟酌其宜。欲遏病补虚羸者，本中经。下药一百二十五种为佐使，主治病以应地，多毒，不可久服。欲除寒热邪气，破积聚愈疾者，本下经。”② 种按照药物“善恶”区分品秩的观念，显然源于汉代天人感应说，由此确定上品药养命为君，中品药养性为臣，下品药治病为佐使，不免僵化。但书中记载药物的作用，如大黄泻下、常山治疟、麻黄平喘等，也真实可信。不特如此，《本草经》对药物神经精神系统毒理表现记载颇详，如云：“麻蔶，多食令人见鬼狂走。”麻蔶应是大麻Cannabis sativa L.的雌花，含大麻酚（cannabinols），有强烈的致幻作用。据介绍，四氢大麻酚（THC）服用20mg以上，即可令人产生妄想和幻觉，闭目时发生幻视，看到颜色可出现闪光。所谓“令人见鬼”，正是吸食大麻过量的中毒表现。《本草经》又云：“莨菪子，使人健行见鬼，多食令人狂走。”这一作用则与茄科植物所含阿托品类生物碱如阿托品（atropine）、东莨菪碱（scopolamine） 过量中毒的中枢反应有关。
①《本草经》记载的药物产地，在传写过程中，被混入《名医别录》中，但仍可以通过《太平御览》等文献为佐证，钩沉辑录出来。
②附带一说，《本草经》在后世或被著录为三卷，或被著录为四卷，卷帙差异主要在于本书序例部分是否独算作一卷，至于上中下三品为三卷，则没有争议。
汉代崇尚服食，如王充虽然认识到凭藉药物“延年度世，世无其效”，但也承认“夫服食药物，轻身益气，颇有其验”（《论衡·道虚》）。通观《本草经》，并不像一本纯然的医药书，更接近一部“服食指南”，书中许多文字都与服食有关。《抱朴子内篇·仙药》引《神农四经》云：“上药令人身安命延，升为天神，遨游上下，使役万灵，体生毛羽，行厨立至。”又曰：“五芝及饵丹砂、玉札、曾青、雄黄、雌黄、云母、太乙禹馀粮，各可单服之，皆令人飞行长生。”《本草经》三百六十五种药物中，有一百五十馀种提到“令人轻身不老”，其中十馀种还特别强调“久服耐寒暑，不饥，轻身，飞行千里，神仙”（“太乙禹馀粮”条），“久服增寿，神仙”（“石胆”条）。
服食技术主要由神仙方士掌握，故当时的“本草家”其实也是方士者流①。《本草经》不仅记载服食，还保留有许多神奇法术。如太乙禹馀粮服后能令人“飞行千里”；服用泽泻“能行水上”；羖羊角“入山烧之，辟虎狼”；雄黄“胜五兵”；蟹“以败漆烧之致鼠”；梓白皮“饲猪肥大易养三倍”等。
炼丹是汉代神仙方士的重要活动之一。汉武帝时有李少君祠灶致物，化丹砂为黄金，事见《史记·封禅书》。同时代的淮南王刘安亦以“言神仙黄白之术”为能事（参《汉书·淮南王传》），著有《枕中鸿宝》，“言神仙使鬼物为金之术，及邹衍重道延命方”。这恐怕是最早见于记载的外丹书。至东汉中后期，有魏伯阳撰《周易参同契》，更是丹经集大成之作。
《本草经》也能看到炼丹术的影子。如空青“能化铜铁铅锡作金”；石胆“能化铁为铜成金银”；石流黄“能化金银铜铁奇物”；铅丹“炼化还成九光”。
特别可以注意的是，《本草经》说丹砂“能化为汞”，又说水银“熔化还复为丹”。这在表面上是谈论炼丹术中丹砂（HgS）与水银（Hg）之间的转化，其实则关涉神仙家实现“长生不死”的基本逻辑。针对俗人的想法，人由少壮而老死，单向不可逆，即《论衡·道虚》所说的“万物变化，无复还者”。神仙家喜欢举水银与丹砂互变的例子作为答辩，如《抱朴子内篇·金丹》云：“丹砂烧之成水银，积变又还成丹砂。”此即所谓“还丹”，也构成服食金石药物的理论基础。所以《抱朴子内篇》引《龟甲文》说：“我命在我不在天，还丹成金亿万年。”
①所以《汉书·郊祀志》记，成帝时罢诸祀，遂令“候神方士使者副佐、本草待诏七十馀人皆归家”。所谓本草待诏，颜师古注：“谓以方药而待诏者。”本草待诏与候神方士使者副佐等同进退，其方士身份也明。
《本草经》亡佚于宋，其主要内容通过陶弘景《本草经集注》、唐代《新修本草》尤其是宋代唐慎微的《证类本草》保存下来。南宋以来，王炎、卢复、孙星衍、顾观光、黄奭、姜国伊、王闿运、刘复、曹元宇、尚志钧、王筠默、马继兴以及日本江户医家森立之等都有辑复本，其中以孙星衍辑本、森立之辑本最为精审。
关于《本草经》黄奭辑本，还有一段公案。黄辑本刊于同治四年（1865），为《黄氏逸书考》之一，检其内容，则与嘉庆四年（1799）孙星衍、孙冯翼合辑本完全相同，故杨守敬在《日本访书记》卷九中指责黄奭“不应没孙氏名而直署己作”，范行准在影印森立之辑本跋语中更明确说：“二孙辑本即被当时富商黄奭所窃，删去叙录，辑入《黄氏逸书考》中。”
孙本、黄本俱在，剽窃之说可成定谳，但仍有一点小小的疑问。黄奭是江藩的弟子，《清史列传》赞其“专精汉学”，阮元亦称其“勤博”；黄毕生致力于辑佚古书，刊入《黄氏逸书考》者即有二百八十馀种之多，其中纬书部分之《通纬》，功力尤为深厚。对经学家而言，医书的分量要轻薄得多，而且《本草经》的辑录难度甚低，哪怕仅仅以《证类本草》为蓝本，摘抄其中的白字经文，也可以初具规模——事实上，稍晚问世的王闿运辑本即是如此——更何况孙辑本流传甚广，孙星衍名气又大，公然剽掠，未免得不偿失。另考《黄氏逸书考》的流传经过，黄奭辑佚著作虽在生前已经镂版，但遭遇太平天国动乱，版片有所散佚，几经曲折，最后经王鉴、秦更年之手，辑补校雠、整理补刊，改名为《黄氏逸书考》重印流通①。我推测，或许存在这样的情况，黄奭生前确实辑有一部《本草经》，版片在兵燹中毁损，而篇目尚存，续刊者为了保持丛书的完整性，遂以孙星衍辑本配补，竟因此令黄奭蒙上不白之冤。
①黄奭辑佚丛书，书名变更多次，其间的曲折，研究者说法不一，此处采用冀叔英先生的意见。见冀叔英《黄奭对辑佚工作的贡献》，《国家图书馆学刊》1992年第1期。