高成本投入 目前，我国有机生产、加工及运输、销售产业链发展还不十分成熟，有机产品在生产、劳动力投入、质量管理等过程中的成本较高，有机产品较常规生产产品产出较低，且常规农场要转变为有机农场需要有2-3年的转换期，因此有机产品的售价一般都比普通产品价高。
盈利困境 国内低产的有机农业造成了产品的高价，而高昂的价格又造成了目前“有机农产品是为富人服务的”的误解。实际上有机食品价格它最终还是要回归到合理的水平，就是随着消费的需求增加，随着生产基地的扩大，人力、物流成本慢慢减小，最后还是会回归到有机农业给大多数人提供产品，给大多数人谋利益。在这些方面，我们还有很长一段路需要走。
依然以“归来兮”为例，1700亩大米每亩的年产量只能达到550斤，这只是正常农民家的1/2的水平。蔬菜、水果的产量也低于正常农户水平。农庄的明星产品红颊草莓——采用蜜蜂授粉，不使用膨大剂，同时生长期内注意控水，较长的生长期带来的是有嚼劲的口感，刚上市的价格高达80元/斤。不同于国外单一产品规模化生产，国内综合性农场的人工成本很难控制，归来兮管理团队加上田间和车间的工人，200人的用人量背后是不小的用工成本。
与归来兮想比，垠坤田园农场主负责人夏卫东说，目前垠坤的稻田米产量也不高，550亩稻田年产6万斤稻鸭米，还有3000只口感非常好的稻田鸭。但与周边农户每年两季水稻的产量相比，是有很大差距的，农庄每年投入300万元，平均每天10人劳作，人员成本每年大概需要60万，想要盈利真的很难。但既然选择了做有机农业这条路，首先是要耐得住寂寞，确保高品质的产品远比产量更重要。
为适应江南的丘陵地形，归来兮农庄合理分配了稻米、蔬菜和果树的种植面积，并根据市场反馈每季积极调整种植品种，定期与农科院专家交流，引进最新品种和种植技术……即使这样，归来兮经营已逾4年，仍主要是靠会员制的支持，公司还是不断地在投入资金，还没有寻找到一条大众化经营的市场道路，而这也是国内大多数有机农场逃不出的困境。
人才困境 对于农业这个又苦又累的行业，很多该专业的年轻人都选择了转行。归来兮这片农场的场主是位清秀的女生，不同于自己同学进入科研所、事业单位的选择，南农硕士毕业的她选择坚守在农业第一线。从农庄运营的第一天到现在，4年里，她拿着并不高的工资，穿着运动鞋穿梭在田间地头，吃住在农庄，只因“不愿对自己过去努力的否定”。农场里的梨树还没有开花，但到了时节，它刹那开放又绚丽，“忽如一夜春风来，千树万树梨花开”，有机农场真正的春天是什么时候呢，人们都拭目以待。