苗医认为，毒、亏、伤、积、菌、虫是导致人体生病的6种因素，简称六因。六因通过产生毒害力的方式导致人体生病，所以苗医素有“无毒不生病”之说。苗医有“两病两纲”之说，即将一切疾病归纳为冷病、热病两大类，“两纲”即“冷病热治、热病冷治”两大治则。
诊断方法
苗医通过望、听、嗅、问、摸、弹等方法搜集疾病表现的各种症状和体征，结合天时地域及其他条件进行综合分析，辨清冷、热二病，分别所属病证，为治疗原则和具体治法提供重要依据。
1.望诊 主要望患者形态、神志、面色、眼球、四毛（头发、眉毛、睫毛、毫毛)、口舌、耳壳、鼻、指纹、指甲、手掌、二便、病灶等，尤对望四毛、口舌、鼻、指纹、指甲、掌纹方面独具特色。
2.听诊 主要听患者说话、呻吟、咳嗽、呼吸、打呃、肠鸣、排屁等声音变化诊断疾病。
3.嗅诊 医生嗅患者的体气、口气及排泄物、分泌物的气味变化以诊断疾病。
4.问诊 主要问发病时辰、冷热、疼痛、汗出、饮食、睡眠、二便、经带等内容。
5.摸诊 主要指摸脉及体表的有关部位。苗医将脉象称为“大脉”（马之意），以喻脉搏跳动像马奔跑一样有节律，脉象有病脉、喜脉、寿脉之分，脉位有头部脉、寸口脉、腕部、五指、内外踝、内外膝眼下、足背、左乳下共16处。
6.弹诊 医者用五指提弹患者腋前、肩背、脊旁、肘窝、胭窝等处大筋或皮肤，若紧束不知疼痛，或随着提弹有色块隆起，或提弹处皮肤迅速出现乌黑色淤点或淤斑，并伴有剧烈头痛或胸腹痛、面苍唇白、指尖逆冷、恶心欲呕或吐泻等，多为“翻”病。