一、肉与肉制品中微生物的检测
禽畜肉类的微生物污染，一是在宰杀过程中各个环节上的污染，二是病畜、病禽肉类所带有的各种病原菌，如沙门氏菌、金黄色葡萄球菌、结核杆菌、布鲁氏菌等。腐生性微生物污染肉类后，在高温高湿条件下很快使肉类腐败变质。我们可以用酶联免疫吸附法、生物学传感器、免疫荧光技术等多种方法对肉制品进行检测。
酶联免疫吸附法是一种固相酶免疫分析方法，它把抗原抗体免疫反应的特异性和酶的高效催化作用有机地结合起来，既可测抗原，也可测抗体，可进行定性和定量测定。这种方法可检测食品中沙门氏菌、军团菌、大肠杆菌等微生物。
生物传感器是以生物化学和传感技术为基础，用酶、抗体、细胞等作为识别元件，与信号转换器和电子测量仪共同构成的分析工具。用于食品微生物检测的主要是基因传感器和免疫传感器，其原理分别是基于DNA杂交和抗原抗体反应进行检测，再将其转换为光信号或电信号并通过仪表放大和输出。
荧光酶标免疫分析法是利用酶联荧光免疫分析技术，通过固相吸附器，用已知抗体来捕捉目标生物体，然后与带荧光的酶联抗体再次结合，通过抗原一抗体特异反应，根据荧光的强弱自动判断样品的阳性或阴性，分离出目标菌。它是一种新型的快速检测微生物方法，具有检测灵敏度高、无传染危险、检测速度快等特点，已越来越多地被用于冻肉中李斯特氏菌及沙门菌等致病菌的检测。
二、水产品中微生物的检测
鱼类极易被水生微生物所污染从而引起腐败变质。在水产品中，致病菌主要有沙门氏菌、副溶血性弧菌、9单增李斯特菌和金黄色葡萄球菌。
目前PCR技术频繁地被应用于水产品中致病微生物的快速检测。钟凯等利用副溶血性弧菌的tl基因为靶序列，设计1对引物，其PCR扩增产物具有极好的特异性，对人工污染的冷冻虾仁、沙丁鱼的检出低限达到10cfu/g。吴彩云等以tl和tdh为靶基因，以单引物对的常规PCR技术为参照，对双重PCR（d-PCR）技术同时检测该两靶基因的可行性进行了研究，建立了一种快速、有效地检测副溶血弧菌有毒菌株的分子生物学方法。王文等建立了3种斑点ELISA（DOTELISA、SPA-DOTELISA、BA-DOT-ELISA）快速检测水产品中副溶血性弧菌的方法。这些方法简便、快速，均可在22-24h内报告结果，比常规法快4-6d，而且稳定性好，不与溶藻性弧菌、亲水气单孢菌等13种杂菌发生交叉反应。
三、乳与乳制品中微生物的检测
乳及乳制品的营养成分比较完全，都含有丰富的蛋白质、极易吸收的钙和完全的维生素等，因此极易被微生物所腐败变质。鲜乳中污染微生物主要来源于乳房内的污染微生物和环境中的微生物，主要有乳酸细菌、脂肪分解细菌、酪酸细菌、以及酵母和霉菌。含水量合格的奶粉不适宜微生物生长，但加工不当的奶粉中可能污染有沙门氏菌和金黄色葡萄球菌等病原菌。
Tsai等用酶联免疫技术（ELISA）对奶酪和酸牛奶中的杂色曲霉、多主枝孢、白地霉、卷枝毛霉和产黄青霉进行了检测。1997年KnjghtMTetal的文章中阐明美国18个实验室用3M公司的酵母菌和霉菌计数板与传统方法比较检验食品中的酵母菌、霉菌，认为在任何产品及任何数量接种水平中，传统方法与计数板无显著的差异，且性能优越于传统方法。电阻抗技术用于食品中细菌总数、大肠杆菌、沙门氏菌、酵母菌、霉菌和支原体的检测，具有高敏感性、特异性、快速反应性和高度重复性等优点。
四、蛋与蛋制品中微生物的检测
鲜蛋由于卵巢内污染、产蛋时污染和蛋壳污染而发生微生物性腐败变质。污染鲜蛋的微生物有禽病病原菌、其他腐生性细菌和霉菌等，其病原菌有沙门氏菌，金黄色葡萄球菌等。
环介导等温扩增法（LAMP）是2000年开发的一种新颖的恒温核酸扩增方法，具有简单、快速、特异性强的特点。该技术在灵敏度、特异性和检测范围等指标上能媲美甚至优于PCR技术，且检测成本远低于荧光定量PCR。目前，LAMP方法是快速、灵敏、特异的沙门氏菌检测方法，是鸡蛋车间管理的可靠监控手段。