公园最显著的栖息生物就是科莫多蜥蜴,这是一种巨型蜥蜴,在世界其他地方难寻踪迹。研究这些蜥蜴的进化过程,具有十分重要的科学意义。最常见的蜥蜴类型被称为“科莫多龙”,这种蜥蜴外观独特,并且具有攻击性,是世界上存在年龄最长的活种蜥蜴物种,平均长度为2~3米。该物种是大型蜥蜴中唯一的遗留物种,堪称蜥蜴中的“活化石”,该种物种曾经生活在印度尼西亚和澳大利亚。除了有科莫多龙外,公园还为许多其他著名的陆地物种提供栖息地,还有一种地方性大鼠和东帝汶鹿也非常独特。科莫多丰富的珊瑚礁资源为多种生物提供栖息环境,强大的海流吸引着许多海洋哺乳动物。
科莫多国家公园的稀树草原、山坡风景、荆棘丛生的绿色植被、绚丽的白色沙滩、海水涌动的珊瑚礁,是印尼最引人注目的风景区之一。展现出卓越的自然之美,不规则的海岸线,造就了天然优美的海湾、海滩和港口,悬崖峭壁垂直入海,增加了自然之美的险峻。
其他动物还包括7种陆地哺乳动物,例如地方性鼠、食蟹猴和72种鸟类,鸟类中的凤头鹦鹉和嘈杂的查查鸟也很著名。珊瑚礁海岸多种多样,水质清澈,强烈的阳光能够促进群岛和其他地区的营养物质交换。海洋动物和植物与印度太平洋其他地区差别不大,但该处海洋遗产物种丰富度非常高,主要表现在海洋哺乳动物数量方面,包括蓝鲸和抹香鲸以及10种海豚、儒艮和5种海龟。
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